Al PARSalud para el año 2006 se le aprobó un Presupuesto Institucional de Apertura (PIA) a toda Fuente de Financiamiento de S/. 19,503,199.00, aprobado mediante RM Nº 1008-2005/MINSA. Asimismo, el Presupuesto Institucional Modificado (PIM), por toda fuente de financiamiento, asciende a S/. 45,904,887.00. 

La variación entre el PIA y el PIM, se debió a la incorporación del Saldo de Balance del año 2005 (R.M. Nº 235-2006/MINSA), la incorporación del saldo de los recursos provenientes del Convenio N° 006-2004-EF/Perú-Canda (R.M. Nº 136-2006/MINSA) y por la incorporación de recursos transferidos del Programa de Apoyo a los más pobres – Juntos (R.M. Nº 068-2006/MINSA).

A inicios del año 2005, el Programa de Apoyo a la Reforma de Salud - PARSalud, contó con un Presupuesto Institucional de Apertura (PIA) por toda fuente de financiamiento, ascendente a S/. 108´197,445 (Resolución Ministerial Nº 1261-2004-MINSA) de los cuales S/. 25´934,325 corresponden a la Fuente de Financiamiento Recursos Ordinarios y S/. 82´263,120 a Recursos por Operaciones Oficiales de Crédito Externo.

Al mes de noviembre del año Fiscal 2005, el PARSalud contó con un Presupuesto Institucional Modificado (PIM) por toda fuente de financiamiento, que asciende a S/. 117´136,407. De los cuales S/. 25´934,325 corresponden a la Fuente de Financiamiento Recursos Ordinarios; S/. 663,489 a Recursos Directamente Recaudados; S/. 82´570,731 a Recursos por Operaciones Oficiales de Crédito Externo y S/. 7´967,862 a Donaciones y Transferencias.

El incremento se sustenta primero en la incorporación de los recursos provenientes del Convenio de Financiamiento Nº 06-2004-EF/Perú- Canadá, por un monto para el año 2005 de S/. 7´967,862, incorporado como crédito suplementario por la fuente de financiamiento de Donaciones y Transferencias; Asimismo, fueron aprobados Créditos Suplementarios, uno por S/. 402,793 incorporado mediante Resolución Ministerial Nº 260-2005-MINSA por concepto de Saldo de Balance 2004, de los cuales S/. 307,611 corresponden a la fuente de financiamiento Recursos por Operaciones Oficiales de Crédito Externo y S/. 95,182 a la fuente de Recursos Directamente Recaudados y por último Créditos Suplementarios por la mayor captación de la fuente de Recursos Directamente Recaudados por el monto de S/. 568,307.

El PARSalud para el año 2004 contó con un Presupuesto Institucional de Apertura (PIA) a toda Fuente de Financiamiento por un monto de S/. 62´300,000 (Resolución Ministerial Nº 1297-2003-SA/DM), de los cuales 6 millones de soles corresponden a la Fuente de Financiamiento "Recursos Ordinarios", S/. 62.3 millones a la Fuente de Financiamiento "Recursos por Operaciones Oficiales de Crédito Externo" y S/. 20,000 a la Fuente de Financiamiento "Recursos Directamente Recaudados".

Al término del 2004 el PARSalud tuvo un Presupuesto Institucional Modificado (PIM) de S/. 87,401 miles de nuevos soles por toda Fuente de Financiamiento, su incremento fue producto del Saldo de Balance del 2003 (Resolución Ministerial Nº 348-2004/MINSA), por la mayor captación de recursos directamente recaudados por la aplicación de penalidades a contratistas y por la venta de bases de las Licitaciones nacionales e internacionales llevadas a cabo por el programa.

Por último, a falta de recursos de contrapartida local, para cumplir con lo estipulado en los Convenios de Préstamo suscritos con el BID y el BIRF, se obtuvo financiamiento del Fondo de Desarrollo Perú Canadá por un monto de US$ 5,000,000 para lo cual el PARSalud firmo el Convenio de Financiamiento Nº 06-2004-EF/68.01 con la Dirección General de Programación Multianual del MEF, recursos que fueron incorporados al Presupuesto mediante Crédito Suplementario por el monto de S/.17,800 miles de nuevos soles por la Fuente de Financiamiento de Donaciones y Transferencias.